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吉林大学高等教育研究所始建于1986年5月，是我国最早成立的高等教育研究机构之一。2001年开始逐步转型为以科学研究和研究生培养为主要职能的科研机构，并为学校提供有关政策和发展规划等方面的咨询服务。
研究所现有高等教育学、教育技术学、课程与教学论三个硕士学位授权点和一个教育硕士专业学位授权点，另外高等教育研究所与行政学院联合申报的公共管理一级学科博士学位授权点已获国家批准。全所共有专职教师12人，其中教授4人，副教授3人，讲师5人，教师队伍中博士学位获得者6人，在读博士3人。2002年至今已经招收硕士学位研究生193人，授予硕士学位140人，在学研究生53人。2011年将开始在教育管理、现代教育技术、心理健康教育、学科课程论等专业招收专业学位研究生，并开始招收在职攻读教育硕士专业学位研究生。
近五年来，教育科学研究取得了丰硕成果。专职教师发表学术论文182篇，其中在核心期刊发表论文118篇，在cssci以上期刊发表论文93篇，有多篇论文被《新华文摘》、《高等学校文科学报文摘》、《人大复印资料》全文转载、转摘，在国内学术界产生了较大影响。通过全所教师的不懈努力，近3年来获得省部级以上课题7项，省部级奖励8项，其他奖励5项。
经过多年学术积累，研究所的学科建设取得了一定成绩，初步形成了现代大学制度研究、网络教育研究与应用、学位与研究生教育研究、超越式学习等比较稳定的研究方向，呈现较好的发展势头。近年来与国内外多所著名高校开展学术交流与合作，多次聘请国内外著名学者来所讲学，开展各种类型学术活动，不断扩大吉林大学教育学科在国内的影响。
受学校委托，高等教育研究所主办《高教研究与实践》学术期刊，刊物以服务学术、服务读者为宗旨，立足于登载教育理论、教育热点、教育政策、教育改革实验、国外教育动态等方面学术文章，强调问题研究、关注高等教育实践，注重教育理论与实践研究的结合、宏观研究与微观研究的结合、探索性与指导性结合、学术性与可读性结合，刊物质量不断提升，受到了高等教育研究者和高校管理者的好评。
高等教育研究所将秉承学科兴所、人才强所、民主管所的理念，以培养具有坚实理论基础、较强实践能力的高级人才为使命，形成良好的科学研究氛围，以优秀的教育科学研究成果服务国家和社会，力争在近期内把高等教育研究所办成有特色有影响的教育研究机构。
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